香港西九龙站拥有12台15线，途经香港西九龙站的线路是广深港高速铁路。也是新开的港澳珠大桥的香港起始点。

其中，车站短途站场设7台6线，全部为短站台，采用西班牙式月台布局，每条到发线的两侧均为站台面，供8节车厢的列车停靠；车站长途站场设5台9线，全部为长站台，采用常规月台布局，每条到发线仅有一侧为站台面，供16节车厢的中国各地长途列车停靠。香港西九龙站近期仅启用4条短途到发线和6条长途到发线。