八重山诸岛最重要的两座岛屿是石垣岛和西表岛，这两座岛屿提供了日本最好的浮潜和深潜地点，以及日本最后的保存完好的热带丛林和红树林（都在西表岛上）。另外，竹富岛、波照间岛以及与那国岛这样人迹罕至的小岛，因远离喧嚣保存着原始天然的魅力。