蒙元文化博物馆是蒙元文化苑的核心建筑，藏有蒙元时期印章、符牌、服饰、金银器、石雕、陶瓷、绘画、兵器、建筑构件等文物，涵盖了蒙元时期政治、经济、文化、军事和科技等诸多领域，通过文物见证蒙元时期的辉煌以及对世界文明做出的贡献。蒙元博物馆内的藏品无论从数量上还是质量上，在国内各大博物馆中均居前列，馆内的文物绝大部分出土于锡林郭勒大草原，是见证蒙元文化辉煌历史的理要标志。